Japonsko leží na východním okraji asijského kontinentu. Stát je tvořen řetězem ostrovů v západní části Tichého oceánu. Největší ostrovy jsou (od severu k jihu) Hokkaidó, Honšú, Šikoku, Kjušu, . K  těmto ostrovům patří i skupina menších ostrovů v  bezprostřední blízkosti i ostrovy více vzdálené např. Okinawa. Celková délka pobřeží všech ostrovů je 33 889 km.

Protože Japonsko je země z velké části hornatá a pokrytá lesy, lidé se soustřeďují převážně do pobřežních oblastí. Hustota obyvatelstva je velmi vysoká; Japonsko je, co se týče hustoty zalidnění, 30. na světě.

Slabá zemětřesení jsou častá, protože Japonsko se nachází na hranici tří tektonických desek. Velká zemětřesení se vyskytnou během každého století několikrát a často také vyvolají vlny tsunami. Poslední velká zemětřesení byla v  letech 1923 (Tokio, 8,3 stupně), 1995 (Kóbe, 7,2 stupně), 2004 (oblast Čúecu, 6,9 stupně) a 2011 (pobřeží Japonska blízko Sendai, 8,9 stupně), které pravděpodobně připravilo největší katastrofu od 2. světové války. Počet mrtvých se odhaduje až na 11 000 a čtvrt miliónu lidí připravily živly o domov.

Podnebí Japonska je oceánické, vlhké a monzunové, ale díky rozloze země se klima v různých oblastech liší. Období dešťů začíná na Okinawě počátkem května, na ostrově Honšú pak uprostřed června, kde trvá cca 6 týdnů. Na přelomu léta a podzimu přinášejí silné deště také tajfuny.