Ágra si navzdory stoletím uchovala krásu a ducha někdejšího hlavního města Mughalské říše, pyšní se dokonce třemi památkami na seznamu světového dědictví UNESCO a rozhodně je jednou z nejvýznamnějších turistických destinací Indie.

Za rok založení se oficiálně považuje rok 1504, kdy zde založil město vládce Dillského sultanátu Sikandar Lodī. Po jeho smrti město přešlo do majetku jeho syna Ibrāhīm Lodhī, který vládl až do roku 1526, kdy padl v bojích s Bābary. Zlatá éra města přišla v období Mughalské říše, kdy bylo město známo pod jménem Akbarabād a po nějakou dobu bylo dokonce jejím hlavním městem (do roku 1649).

Akbarabād stal jedním z nejdůležitějších měst Mughalské říše, což pro město znamenalo mimo jiné prudký stavební rozmach. Ve městě na břehu řeky vznikly první Perské zahrady zvané Arām Bāgh neboli Zahrady odpočinku. Za vlády panovníka Akbara byly postaveny velké hradby kolem městské pevnosti Ágra (někdy také nazývané Rudá pevnost) a Ágra se stala kvetoucím náboženským, uměleckým, i obchodním centrem. Akbar také nechal postavit, výhradně z kamene, novou část města za hranicemi tehdejšího Akbarabādu nazývanou Fatehpūr Sikrī.

Hlavní turistické lákalo dnešní doby, Tádž Mahal, nechal ve městě vystavět Shāh Jahān. Byl postaven roku 1653 jako památník lásky k jeho ženě Mumtāz Mahal. Shāh Jahān později přesunul hlavní město do Dillí, ale jeho syn Aurangzeb ho přestěhoval nazpět do Akbarabādu, když svého otce uvěznil v pevnosti Ágra. Po rozpadu Mughalské říše se pod vlivem Marathů a Jatů změnil název města na dnešní Ágra ještě dříve, než se roku 1803 stalo součástí Britské Indie.